Situace, kdy imunitní systém nepochopitelně napadá vlastní buňky a orgány. Člověk jako by nedobrovolně páchal sebevraždu. Příčiny autoimunity jsou považovány za neznámé, ale uvažuje se o vlivu některých virů, setkání s cizorodou látkou v časném zárodečném období, dále může mít vliv nepřirozené zasahování do imunity širokospektrálními antibiotiky, syntetickými hormony a očkovacími látkami. 

V nejnovějších lékařských studiích byl potvrzen nepříznivý dopad imunoterapeutické desenzibilizace ( především při léčbě alergie na břízu a roztoče ) na pozdější rozvoj vážné potravinové alergie. Autoimunitní selhání se předpokládá také u poškození štítné žlázy ( Hashimotova struma ), svalstva ( myasthenie ), nadledvinek ( Addisonova nemoc ), sliznic trávicího traktu ( Sjogrenova choroba ), mozku ( encefalopatie, roztroušená skleróza ), zánětů jater a periferních nervů. K dalším závažným autoimunitním onemocněním je řazen systémový lupus, hemolytická anémie, revmatoidní artritida, dermatomyozitida a některé typy alergií a zhoubného bujení.

Z hlediska přírodní léčby by stěžejním krokem mělo být pochopení příčin autoimunitní poruchy. Je nutné stabilizovat hysterické imunitní buňky - T a B lymfocyty. T - lymfocyty se školí v brzlíku, který při autoimunitních procesech vykazuje nadměrnou aktivitu. Proto se nemocným podávají léky na potlačení jeho činnosti ( imunosupresiva ). Následkem je však celkové snížení imunity a pro člověka se může stát smrtelným prakticky každý virus či bakterie. B - lymfocyty se školí v mízních uzlinách, krčních mandlích, Peyerových plátech, slezině, kostní dřeni, pravděpodobně i ve slepém střevě. Žlázy s vnitřní sekrecí pracují systémem spojených nádob, pro je důležité udržovat jejich rovnováhu. Zvolením vhodných bylin lze posílit tvorbu steroidních hormonů, které dokáží brzdit některé nežádoucí imunitní reakce. Na rozdíl od uměle podávaných kortikoidů je tato stimulace přirozená, bez vedlejších účinků. Při léčbě autoimunitních poruch je zapotřebí si uvědomit, že imunita je chorobně zvýšena a proto je nežádoucí užívat  byliny a přípravky zvyšující imunitu, např. echinacea, třezalka, divizna. Velkou šancí pro nemocné je mykotetapie....třeba houbový elixír IMUNEX.